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Des étudiants de licence découvrent des bactériophages sur le campus d’Orsay

Formation Article publié le 14 janvier 2022 , mis à jour le 17 janvier 2022

Des étudiants en licence de Biologie ont isolé de nouveaux bactériophages (virus infectant les bactéries) sur le campus. Lors du cours pratique « Phage Discovery », ils ont purifié les virus et les ont observés au microscope électronique de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule.  Cette aventure scientifique continuera au printemps avec l’analyse des génomes viraux par une quinzaine d’étudiants au cours de l’UE « Phage DNA Explorer ».

En septembre 2021, treize étudiants de deuxième année de licence de biologie ont choisi de participer à une toute nouvelle unité d’enseignement (UE) appelée « Phage Discovery » endossant ainsi le rôle d’explorateurs de la biodiversité au XXIème siècle. L’aventure commence par la collecte de divers échantillons des sols, de l’eau des mares du campus et des cours d’eau de la région et se poursuit en laboratoire par des expérimentations visant à isoler des bactériophages, ces virus de très petite taille (<200 nm) qui infectent les bactéries.  Après plusieurs étapes de purification et quelques péripéties, la récompense est là : les étudiants visualisent des plages de lyse sur leurs boites de Pétri (Photo 2). Ces plages de lyse ressemblent à des « trous » dans les tapis bactériens, comme si les bactéries avaient été « mangées ». C’est le même type d’observation qu’a pu faire Felix d’Hérelle en 1917, qui est à l’origine du mot bactério-« phage » !


Plages de lyse obtenues par les étudiants de l’UE Phage Discovery sur un tapis de bactéries Corynebacterium glutamicum


Les étudiants découvrent des images de leurs phages au microscope électronique.

Le voyage dans l’infiniment petit se poursuit à la plateforme de cryo-microscopie électronique de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (UPSaclay/CEA/CNRS). Là, les étudiants ont pu voir leurs phages, observer leur morphologie et les mesurer (Photo 3). Mais l’aventure ne s’arrête pas là car l’ADN a pu être isolé et sera séquencé à la plateforme de l’I2BC. Au printemps, une quinzaine d’étudiants de troisième année de licence prendra le relai de ce projet et analysera les génomes viraux au cours de l’UE « Phage DNA Explorer ».

Ce projet a été créé par Ombeline Rossier, Christophe Regeard, Cécile Labarre et Anne Lopes, enseignants-chercheurs en microbiologie ou bioinformatique de la Faculté des Sciences d’Orsay. Il a été financé cette année grâce à l’appel à projet de l’université soutenant les initiatives pédagogiques. Ces nouvelles UE d’immersion totale dans un projet scientifique permettront aux étudiants de réaliser des découvertes dès la deuxième année de licence, tout en s’initiant à la microbiologie et à la bioinformatique. Leur travail pourra être valorisé par la publication d’un article dans un journal scientifique international.

Contacts :
ombeline.rossier@universite-paris-saclay.fr
christophe.regeard@universite-paris-saclay.fr